Указом Президента РФ от 30 ноября 2006 года А.Д. Шишкин назначен председателем Пензенского областного суда.

   Представляя нового руководителя судейскому сообществу области, Вячеслав Михайлович Лебедев, председатель Верховного Суд РФ, сказал: «Пензенская область, я имею ввиду её судейский корпус, всегда была в числе тех регионов, где на высоком уровне осуществлялось правосудие, соблюдались сроки рассмотрения гражданских, административных, уголовных дел…».

   Повысить качество отправления правосудия, улучшить результаты работы, «сбалансировать» нагрузку у мировых судей – эти первостепенные задачи встали перед новым председателем. Первые шаги были предприняты сразу же. Инициатива о выделении шести дополнительных участков мировых судей была поддержана законодательным органом Пензенской области и утверждена на федеральном уровне. В результате чего дополнительно появились два судебных участка в Октябрьском районе и по одному – в Первомайском, Ленинском, Железнодорожном районах г. Пензы, а также в Нижнеломовском районе области. Общее число мировых судей и судебных участков увеличилось с 69 до 76.

   «Правосудие для граждан должно быть в прямом смысле слова – доступным. Недопустимо, чтобы за защитой своих прав человеку приходилось ехать за сто километров. Любой посетитель, придя в суд, должен чувствовать себя комфортно, и эти условия обязаны создавать мы. Мы должны сделать просторными залы судебных заседаний, коридоры, каждому суду следует стать, как и положено, - Дворцом правосудия», - говорит Алексей Дмитриевич Шишкин.
   Для обеспечения доступа граждан к правосудию были созданы приёмные в судах, их работа позволяет сохранить принцип равноправия сторон.

В 2007 году стал выходить сборник «Власть судебная в Пензенской области», в 2008-ом  создан официальный сайт суда.

  Председатель суда всегда отмечал высокий профессионализм пензенских юристов, поэтому он был в числе инициаторов учреждения Почётного звания «Заслуженный юрист Пензенской области». Одними из первых эту награду получили ветераны судебной системы В.Д. Кулясов и Т.Г. Кузнецова.

   К 2010 году завершился процесс установления государственной автоматизированной системы «Правосудие» на территории Пензенской области. Все федеральные суды региона объединены в единое информационное пространство.

  В 2013 году началась активная работа по созданию условий для электронного судопроизводства. Наша область вместе с Нижним Новгородом стала опытной зоной для внедрения образца комплекса программ «Судебное делопроизводство» Государственной автоматизированной системы «Правосудие». В Пензенской области для апробации разрабатываемого комплекса программ были выбраны районные суды г. Пензы – Ленинский, Железнодорожный, Первомайский, Октябрьский, а также судебные участки №№ 5, 6 Октябрьского района г. Пензы.

   Немало времени и сил было отдано организации деятельности новой для областного суда апелляционной инстанции, с 7 августа 2014 года начала свою работу судебная коллегия по административным делам Пензенского областного суда.

   В 2015 году Указом Президента РФ председатель суда А. Д. Шишкин назначен председателем Арбитражного суда Северо - Кавказского округа. За его плечами огромный опыт руководителя суда, члена Высшей экзаменационной комиссии по приёму экзамена на должность судьи, члена Президиума Совета судей Российской Федерации, председателя её финансовой комиссии.В 2018 -2024 годах А.Д. Шишкин возглавлял Четвертый кассационный суд общей юрисдикции. В 2021 году Алексею Дмитриевичу присвоено звание «Заслуженный юрист Российской Федерации». С должности председателя он вышел в почётную отставку.

   Его вклад в развитие судебной системы России в целом и Пензенской области в частности отмечен многими высокими наградами.